1.两者的实质不同，经济成本是项目的经济成本指国民经济为兴建和经营某一项目而付出的经济代价，机会成本是指企业为从事某项经营活动而放弃另一项经营活动的机会成本。

2、两者的特点不同，经济成本的特点是宏观性，即它反映的是宏观经济，机会成本特点是微观性，所指的机会必须是决策者可选择的项目。

3、两者的性质不同，经济成本一般包括投资成本、营运成本和外差成本。机会成本的性质是放弃性，即作出一种选择所放弃的其他可能获得最大利益的选择机会。